Патогены, геномное наблюдение за которыми проводилось в течение последних 5 лет в 13 странах Азии. Источник: Nature Microbiology (2024). DOI: 10.1038/s41564-024-01809-4. https://www.nature.com/articles/s41564-024-01809-4
Новое исследование, проведенное под руководством Медицинской школы Duke-NUS, показало, что, несмотря на недавнюю пандемию, усилия по выявлению вспышек заболеваний по-прежнему недостаточно финансируются в Южной и Юго-Восточной Азии, и только около половины рассмотренных стран включили инициативы по геномному надзору за патогенами в свои национальные планы.
Опубликовано в Nature MicrobiologyСегодня исследование также определяет ключевые приоритеты для повышения готовности региона к будущим пандемиям.
Исследование, проводившееся в течение 12 месяцев с 2022 по 2023 год, анализирует ответы о возможностях геномного секвенирования для обнаружения патогенов в 13 из 19 стран, входящих в Южную и Юго-Восточную Азию.
Пандемия COVID-19 подчеркнула важность геномного надзора, который был жизненно важен для идентификации SARS-CoV-2, мониторинга его вариантов и разработки вакцин от COVID-19. Первоначально направленные на отслеживание SARS-CoV-2, эти инвестиции теперь используются для решения других приоритетных задач в области заболеваний, включая лекарственно-устойчивый туберкулез, пищевые бактериальные инфекции, лихорадку денге или для отслеживания текущей вспышки птичьего гриппа A (H5N1).
Хотя все 13 стран имеют национальный потенциал для геномного секвенирования, только 7 из 13 оцененных стран интегрировали геномное секвенирование патогенов в свои национальные стратегические планы по надзору за инфекционными заболеваниями. Кроме того, только шесть стран разработали руководящие принципы по использованию геномики патогенов для надзора за инфекционными заболеваниями.
Отсутствие национальных руководящих принципов для надзора за геномными патогенами усложняет реализацию и распределение ресурсов. Устранение этих пробелов имеет решающее значение для повышения эффективности и устойчивости систем надзора за инфекционными заболеваниями и реагирования на них.
Доцент Рукланти де Алвис, заместитель директора Центра готовности к вспышкам заболеваний Duke-NUS, сказал: «Хотя обнадёживает тот факт, что есть определённый потенциал для секвенирования генома патогенов, в том числе в странах с низким уровнем ресурсов в нашем регионе, всё ещё есть возможности для его укрепления».
«Жизненно важно, чтобы секвенирование патогенов использовалось для максимального воздействия на общественное здравоохранение посредством надзора за инфекционными заболеваниями, реагирования и контроля. Оценка текущего состояния и потребностей стала решающим первым шагом».
В документе также определены пять конкретных проблем, с которыми сталкивается регион при принятии секвенирования генома для надзора за инфекционными заболеваниями:
- Финансирование: страны сообщили о зависимости от внешних спонсоров для секвенирования патогенов. В 13 обследованных странах 57% финансовых и других ресурсов поступают от внешних доноров, за которыми следуют государственный сектор (32%) и академические учреждения (6%).
- Обученная рабочая сила: ограниченное наличие обученного лабораторного персонала и персонала, обученного биоинформатике для обработки геномного секвенирования и анализа результатов.
- Стоимость: Стоимость оборудования, связанного с геномным секвенированием, непомерно высока, и многие страны Азии с ограниченными ресурсами сообщают о более высоких ценах на геномное секвенирование по сравнению со странами с более высоким уровнем дохода.
- Цепочка поставок: Цепочка поставок оборудования и реагентов для геномного секвенирования работает вяло, при этом новые заказы в среднем поступают в лаборатории в течение двух месяцев.
- Время выполнения заказа: Задержки в несколько недель между сбором образцов и получением геномных данных препятствуют своевременному использованию этой информации для руководства действиями в области общественного здравоохранения.
Доктор Тимоти Джон Дизон из Научно-исследовательского института тропической медицины на Филиппинах сказал: «Пандемия COVID-19 послужила критически важным сигналом для пробуждения систем здравоохранения во всем мире, подчеркнув огромную ценность геномики в борьбе с патогенами и формировании ответных мер общественного здравоохранения».
«Сложная природа геномики требует трансформации наших методов наблюдения и значительно укрепила сотрудничество между лабораториями общественного здравоохранения Филиппин, подразделениями наблюдения и академическими учреждениями.
«Чтобы максимизировать эти достижения, важно укреплять и поддерживать инвестиции путем содействия более широкому сотрудничеству и партнерству как в регионе, так и в глобальном масштабе».
Доктор Ху Юнг Кхин, научный сотрудник Центра готовности к вспышкам заболеваний Университета Дьюка и Национального университета Сингапура, добавил: «Геномика патогенов — это инновация, оказывающая значительное влияние на общественное здравоохранение, и весь наш регион выиграет от руководства по эффективному планированию и составлению бюджета для геномики.
«В Азии существует высокий риск возникновения вспышек инфекционных заболеваний из-за таких факторов, как плотность населения, высокая мобильность, плохие условия водоснабжения и санитарии, частое взаимодействие человека и животных, климатический стресс и быстро меняющаяся окружающая среда. Усиление раннего выявления посредством надзора за инфекционными заболеваниями имеет решающее значение для региональной готовности к вспышкам».
Методология исследования
Это исследование было проведено в сотрудничестве с партнерами из Бангладеш, Брунея-Даруссалама, Камбоджи, Индонезии, Лаосской Народно-Демократической Республики, Малайзии, Мьянмы, Непала, Пакистана, Филиппин, Шри-Ланки, Таиланда и Вьетнама. Участие было добровольным, и исследование включало данные из всех 13 стран.
Ключевые партнеры в каждой из стран-участниц были определены для участия в углубленном опросе, в результате чего в общей сложности 42 крупных местных учреждения предоставили данные. Эти организации представляли различные секторы, включая государственные учреждения, академические учреждения, государственные лаборатории и неправительственные организации.
На основе ответов на опрос были выбраны и рассчитаны 25 сводных показателей для оценки регионального статуса геномного надзора за патогенами. Эти показатели охватывают такие области, как партнерства, финансирование, политики и руководящие принципы, цепочка поставок, лабораторная инфраструктура, биоинформатика, обеспечение качества, а также обмен данными и их воздействие.
Исследование было опубликовано в рамках Asia Pathogen Genomics Initiative (Asia PGI), регионального консорциума, организованного Duke-NUS, который занимается развитием геномики патогенов.
Консорциум создал специализированную учебную академию в Duke-NUS, что позволяет странам сотрудничать посредством специализированных программ, направленных на решение приоритетных угроз здоровью в Азии. Ключевыми партнерами в этой работе являются Институт биоинформатики при Агентстве по науке, технологиям и исследованиям Сингапура.
В сотрудничестве с Центрами США по контролю и профилактике заболеваний (US CDC) Asia PGI также организует совместный семинар в этом году по национальному планированию и внедрению геномики патогенов для надзора за инфекционными заболеваниями.
Профессор Линьфа Ван, исполнительный директор Программы исследований в области готовности к эпидемиям и реагирования на них (PREPARE), добавила: «Хотя геномика имеет важное значение для надзора, странам также нужны новые инструменты в их наборе инструментов реагирования на вспышки».
«PREPARE и Asia PGI продолжат работать с региональными партнерами для повышения устойчивости к будущим эпидемиям и пандемиям, и в долгосрочной перспективе использование потенциала геномики для быстрой разработки новых диагностических средств и вакцин станет важнейшей областью поддержки наших усилий».
Дополнительная информация: Мария Гетчелл и др., Статус надзора за геномикой патогенов среди стран с низким уровнем ресурсов в Азии, Nature Microbiology (2024). DOI: 10.1038/s41564-024-01809-4. www.nature.com/articles/s41564-024-01809-4
Информация о журнале: Nature Microbiology Предоставлено Медицинской школой Duke-NUS
