Исследователи из Главного госпиталя Сингапура, Геномного института A*STAR в Сингапуре и Медицинской школы Йонг Лу Лин в Национальном университете Сингапура изучают культуры клинически важных дрожжей в лаборатории. Candida auris — это тип дрожжей. Источник: Геномный институт A*STAR в Сингапуре
Ученые из ГИС A*STAR разработали метод машинного обучения для отслеживания потенциальной новой клады C. auris. Затем они реконструировали геномы C. auris и провели углубленную характеристику геномов, чтобы подтвердить появление новой клады.
Обнаружив, что у пациента C. auris принадлежит к кладе, которая генетически отличается от остальных пяти, команда просмотрела архив больницы и нашла два других случая пациентов. Их открытие было задокументировано в статье «Обнаружение и характеристика шестой клады Candida auris в Сингапуре: геномное и фенотипическое исследование», которая была опубликована в журнале The Lancet Microbe в июле 2024 года.
В SGH действует программа активного наблюдения, которая проверяет пациентов с высоким риском на C. auris с помощью рутинного мазка при поступлении. Пациенты с положительным результатом теста немедленно изолируются, и все стационарные пациенты, которые находятся в одной палате или комнате, будут проверены в рамках стратегии больницы по сдерживанию распространения.
В настоящее время команда работает над экспериментальным подходом машинного обучения, который может автоматически обнаруживать новые клады на ранней стадии. Это особенно важно для региональных центров, таких как Сингапур, который принимает большое количество иностранных посетителей, для мониторинга и раннего выявления возникающих угроз общественному здравоохранению.
«Это исследование продемонстрировало, что подход с машинным обучением может улучшить возможности наблюдения за счет автоматического обнаружения необычных геномов-выбросов. Наш рабочий процесс машинного обучения с участием человека способствует непрерывному обучению на основе новых данных, чтобы мы могли обнаруживать и исследовать потенциально новые геномы как можно раньше. Это может усилить наблюдение за возникающими угрозами общественному здоровью», — сказал соавтор исследования, доктор Чайяпорн Суфавилай, старший научный сотрудник ГИС A*STAR.
«Геномное наблюдение необходимо для понимания возникающих патогенов. Интегрируя геномику, метагеномику и совместные усилия исследователей и врачей, мы можем постоянно повышать нашу готовность к пандемии и реагирование на угрозы общественному здоровью», — сказал старший автор исследования, доцент Ниранджан Нагараджан из Программы трансляционных исследований инфекционных заболеваний в Медицинском центре NUS, а также заместитель директора по архитектуре генома и старший руководитель группы в Лаборатории метагеномных технологий и микробных систем в A*STAR. ГИС.
Дополнительная информация: Чаяпорн Суфавилай и др., Обнаружение и характеристика шестой клады Candida auris в Сингапуре: геномное и фенотипическое исследование, The Lancet Microbe (2024). DOI: 10.1016/S2666-5247(24)00101-0
Информация о журнале: The Lancet Microbe Предоставлено SingHealth
